El humo de las fogatas que encendían los indios cuando cazaban animales salvajes en las colinas que rodean la bahía de San Pedro, inspiró en 1542 al explorador portugués Juan Rodríguez Cabrillo a poner a este abrigo natural el nombre de Bahía de los Fumos.

Las marismas y bajíos pantanosos de la Bahía de los Fumos permanecieron prístinos durante más de 200 años después de la visita de Cabrillo, debido principalmente a que Europa estaba ocupada con la colonización de su Nuevo Mundo en la costa este de Norteamérica. Después, en 1769, los funcionarios y misioneros españoles dirigieron su mirada hacia la magnífica costa, los llanos ricos en recursos y la población india de California.